Облачный провайдер ActiveCloud предоставил РНПЦ эпидемиологии и микробиологии вычислительные ресурсы для проведения медицинских расчетов.
ГУ «Республиканский научно-практический центр эпидемиологии и микробиологии» выполняет широкий спектр научно-исследовательских работ фундаментального и прикладного характера в области эпидемиологии, медицинской вирусологии, микробиологии, иммунологии и паразитологии, разрабатывает и производит лечебные, диагностические и профилактические препараты, проводит консультации по методам исследований и диагностике инфекций, их профилактике.
Изучение геномных последовательностей патологических агентов – это сложная вычислительная задача. Даже после прочтения геном представляет собой строку, состоящей из четырех букв (A, C, G, T), причем его длина может достигать нескольких миллиардов символов. При этом в ДНК нет абсолютно четких «знаков препинания», которые бы указывали на начало и конец генов-предложений и других функционально значимых элементов. Немудрено, что обработка таких файлов занимает продолжительное время.
В связи с пандемией COVID-19 резко возросло количество проводимых лабораторных исследований, в то же время разработка тест-систем для диагностики заболевания основана на определении наиболее специфичных участков генома вируса. Нагрузка на локальные вычислительные мощности РНПЦ ощутимо выросла. В связи с этим было решено использовать облачные сервисы для проведения наиболее ресурсоемких научных исследований, в частности генотипирования патогенов и статистической обработки информационных массивов.
Главный научный сотрудник РНПЦ эпидемиологии и микробиологии, доктор медицинских наук, профессор Александр Владыко определил задачу следующим образом: «Представляет особый интерес использование облачного сервера для начала работы по сравнительному анализу аминокислотных последовательностей нуклеокапсидного фосфопротеина SARS-CoV2 с протеиновой базой данных, включая возбудителей инфекционных (вирусную, бактериальную, и т.д.) и паразитарных заболеваний, а также соматических белков человека, животных и растений с вычленением 70-100% гомологии. Это позволит обосновать и определить направление исследований по созданию оптимальных диагностических (индивидуальная иммуноантигенограмма) и вакцинных (персонализированная иммунокоррекция) препаратов»
Инженеры ActiveCloud предложили использовать для решения данной задачи ресурсы облачного дата-центра E-Cloud. Специалисты провайдера помогли в настройке облачной инфраструктуры и программного обеспечения. Использование облачных ресурсов позволило ускорить обработку больших массивов статистической информации и высвободить локальные вычислительные ресурсы научно-исследовательского центра.
Ведущий администратор сетей РНПЦ эпидемиологии и микробиологии Александр Ничипорук оценил полученные результаты: «Использование облачных технологий для работы геномных ассемблеров и статистической обработки данных позволило сэкономить время и разгрузить наши локальные вычислительные ресурсы. Также, на мой взгляд, использование облачных технологий целесообразно для решения задач, которые совместно выполняют несколько исполнителей, а первую очередь для хранения общих баз данных. Облачный сервер не только предоставляет вычислительные мощности, но и обеспечивает безопасность информации».
Директор облачного провайдера ActiveCloud Павел Гончар отметил: «Мы не в первый раз оказываем помощь белорусским медицинским и исследовательским учреждениям. Считаем своей миссией помогать белорусской медицине всеми доступными средствами, особенно в неблагоприятный эпидемиологический период»
Применение облачных технологий изменяет медицинскую и научную сферу. Огромный объем накопленных данных о пациентах, результатах исследований, научных разработках требует соответствующих ресурсов для их хранения и оперативной обработки. Безопасный облачный сервер, размещенный в Беларуси, полностью соответствует этим требованиям.
